Яндекс не ранжирует сайт в поиске, а в Google сайт в топе

Подливали директом, или накруткой?

Боты, конечно. Директом притащатся те же боты - но неуправляемые, а цель - прощёлкать максимум карточек с заданными параметрами.
Ну и по деньгам - несравнимо, да и по общей стате. 

А через какое время после исправления МПК должны переходы из яндекса появиться?

Сами по себе они не появятся. Просто если сайт из под МПК не вывести - Яндекс категориям позиции не даст. Но для позиций надо ещё и основные посадки до ума довести, так что это - лишь часть процесса.

Да уж.
Выходит, если есть на сайте товары, которые давно никто не посещал, то и разделы поползут вниз ..

Именно так это и происходит в конкурентной динамике. То, что не востребовано, то теряет поисковую видимость.

Не уверен, что так всё плохо. По ним же какая-то стата у ПС уже есть? В моем случае речь о сайте, где с момента запуска 95% всех документов в рамках сайта трафика не получали в принципе, это намного хуже.
Тема "зомби-страниц" становится всё популярнее, но всё таки поддерживать на плаву сайт с трафиком и позициями - много проще, там хотя бы случайные переходы могут быть.

Интереса ради могу глянуть на одном сайте, который как раз упал весной, сколько страниц имели траф 0 за период.
Пару лет, как считаете, достаточно для выборки?

Конечно.
Только тут бы ещё понимать зависимость от общего потенциала в конкретной тематике, связь с общим объёмом сайта и всё такое. Циферки-то могут быть не абсолютными.
В любом случае - интересно.

Совершенно необязательно.

Если категория наполнена не только такими товарами, но и теми, которые регулярно ищут, находят и покупают конкретно у вас - все будет нормально.