Куда вставить код метрики

Ну, во-первых, данные в любом случае будут разниться, тут ничего такого нету. Полного совпадения ждать не стоит.
Во-вторых, я лично предпочитаю втыкать метрику через GTM. Тут главный риск - это доступность серверов Гугла. Во время блокировки "Телеги" много их полегло, так что и "Метрика" тогда работала через раз по этой причине по некоторым проектам.

Ссылку убили, размещу в виде текста https://petropamyatnik.ru/

в код страницы

))), а по существу?

Гугл куда более умный поисковик с адекватной системой аналитики. Они отлично фильтруют ботов.  Увы, Яшандекс очень не хочет понимать кто бот, а кто нет и если боты атакуют сайт и Яндкс это видит, он не фильтрует паразитный траффик, а банит сайты.