Восстанавливаются ли позиции сайта после блокировки бот-трафика?

А с чего вы решили, что позиции упали и как следствие, упал трафик  не от ботов, а от изменения алгоритма яндекса? У вас есть более 10 сайтов одной тематики?, которые имеют разные данные: возраст, кол-во страниц, качество текстов (пишут разные копирайтеры), структуру (где то ее вообще нет, а где то сделана специально так тупорыло, чтобы человек гарантированно просматривал несколько страниц), кластеризацию, ссылки (вообще без ссылок, закупались на биржах, закупались только вручную переписываясь с вебмастерами сайтов доноров или вперемешку)  и т.д.  Вы не сотрудник яндекса? А то это они мне полтора года пели, что все норм, не ссыте-улучшайте, развивайте. Так доразвивался, что уже хотел сотрудников увольнять, благо постоянные клиенты и сарафанное радио помогли не допустить такой ошибки.

И только когда ботов удалось отсечь, пошло восстановление позиций у некоторых сайтов, но не трафика, трафик все равно уменьшился, львиная доля размазалась по дзенам, кью и яндекс услугам. 

ага, осенью. а на мой сайт люди начали ломится в апреле со всех соц сетей как бешенные аш в 10 раз больше обычного, просто ради забавы.