Как яндекс находит то, чего не должно быть?

Неправда. Кроме того, нет никакого ранга. Именно через robots.txt можно управлять директивами индексации, Метрика может быть дополнительно прикреплена через Яндекс.Вебмастер только для того, чтобы лучше индексировать новые страницы с трафиком - это дополнительный сигнал, а не замещающий. Впрочем, Метрика может использоваться и без связи с Яндекс.Вебмастером.

Попрошу конкретно скрины, доказывающие, где clean_param срабатывает, а затем, перекрытые правилами clean_param страницы снова попадают в индекс.

От себя могу сказать, что в моей практике clean_param лучше срабатывает на новых страницах, перекрываемых правилами. Для старых (уже проиндексированных) - Disallow и принудительное удаление из индекса. Пять лет назад у меня была релевантная задача и я связывался с службой техподдержки по вопросу неточной работы clean_param, где получил разъяснение, что clean_param обеспечивает неучёт новых страниц с доп. get параметрами, а запрет индексации и поддержку принудительного удаления из индекса - Disallow, что в своё время и обеспечил. Так что в общем и в среднем задача решается, а Метрика функционально участвует только в том, чтобы классифицировать рекламный рефер и учитывать его в статистике, разделяя на рекламные каналы. Решение об индексации принимает индексирующий робот Яндекса, а не Метрика.

Читать умеешь?
Вначале индекс, потом срабатывание правила роботс, потом снова индекс, и так по кругу.
Мне отвечать не надо. Доказывать Вам, что то? зачем?))
А, вот  ТС ничего доказывать не надо, у него все это есть в его топике и его вопросе и у него на практике..

Совет для ТС у меня написан, частично он сам допилил ( на все запросы Г, не должно отдаваться 200 )
Учти Совет, он берет его безо всяких споров и проверяет на практике.