301 или 404?

Делайте как крупняк. Пишите товара нет в наличии и всё.

И ссылки на аналоги, которые в наличии, можно разместить. 

В любом случае будет отток пользователей, так как они пришли купить именно этот товар , а товара нет и речь об аналоге для них идти не может.

Малая часть рассмотрит возможность приобретения аналога, другая увидит, что товара нет в наличии и уйдет с сайта, а это отказ...

Перемещение с 301 в категорию "Снято с продажи". Категория и товары скрыты с сайта, но остаются доступными по прямому урл для переходов из ПС. На товарах наклейка "Снято с продажи". В модулях дополнительно/с этим покупают - товары имеющиеся в наличии.

Это мелочь по сравнению с потерей ссылочного, которое является более долгоиграющее, чем учётный или не учтённый отказ. 

Возможно отказ а возможно и продажа чего-то из альтернативных.
К тому же отказ по поисковому запросу на товар который вы хотите вообще удалить.

Тем более что пф позапросное)) как бы пофигу на отказ по несуществующим товарам

Если есть аналоги! Тогда ссылочное надо было оформлять на раздел с товарами а не точечно на одну страницу с товаром?

404 в любом случае не вариант. Если нет возможности сохранить страницы и разделы, то лучше сделать хотя бы редирект на главную.

Редирект на главную так себе вариант. Представьте, вы пришли в хлебобулочный магазин за хлебом, а продавец вас берёт за руку и отводит обратно ко входу. Подумайте, как можно с этих страниц приводить людей к цели. Возможно чем-то заполнить их.