Это пустая трата времени. Но дело ваше, конечно.
Ну так растолкуйте начальству, что дело это затратное по времени, маловероятное и не сильно прибыльное. Пока вы пытаетесь обманом пролезть в Вики, можно было бы что-то полезное сделать.
Ситуация нормальная.
Запрет через <meta name="robots" content="noindex, nofollow"> надёжней, но всё равно нет 100% гарантии, что робот не сунется.
Ну или тупо фильтруйте по User-agent и отдавайте роботам 404, если любите хардкор.
Начнем с начала. Зачем вообще вам статьи на Вики?
Всё очень плохо.
Сделайте сайт на любом бесплатном шаблоне WP, уникальный дизайн - не настолько мощный сигнал для ПС, чтобы так насиловать глаза посетителей.
Нет :) Но поиграть в добропорядочного вебмастера никогда не вредно.
Для Гугла - disavow, для Яндекса - пишите Платону и прикладывайте список мусорных ссылок с клятвами, что это не вы.
Но если до сих пор санкций никаких нет, то можете не тратить время, если есть более срочные задачи.
Плюс к перечисленным выше продукты Netpeak (Spider и Checker), но они только по платной подписке теперь.
Проверьте сохраненные версии страниц в кэше ПС, если ссылок в меню не видно, вероятно вы серьезно поломали внутреннюю перелинковку. И да, подождите пару апов, если не вернутся позиции - откатывайте.
Вот вам чтива интересного:
https://www.thewebmaster.com/seo/google-ranking-factors/
http://backlinko.com/google-ranking-factors
Если коротко: вам нужны ссылки, факты, траст.
