Скорее всего, до апача запрос не доходит. Если статика отдаётся через nginx, то и запрет надо писать в конфиге nginx.
Шаред или вдс?
Не обрабатываются файлы с названиями только цифрами, типа 1.xml, 2.xml, 10.xml и тд, хотя в спецификации это нигде не указано, а например если назвать map1.xml или part1.xml, sitemap1.xml так обрабатывается. Я сначала создал папку sitemap, чтобы не захламлять большим количеством файлов корневую директорию, а в неё добавлял уже файлы с названиями 1.xml-62.xml ни один из них не обрабатывался, кстати даже bing на такие файлы ругался, мол ошибка и всё тут.
потому что одну карту он ест и на 30-40к спокойно, а вот индексную не всегда, такой лаг