Ссылки учитываются.
Кстати, стоял 301 редирект с site.ru на www.site.ru и после того как зеркальщик неправильно определил главное зеркало как site.ru страницы сайта начали потихоньку выпадать из индекса, вовремя спохватился и удалил редирект.
Аналогичная ситуация, в роботсе пол года было прописано host: site.ru а в поиске показывался как www.site.ru? но т.к. большинство ссылок было куплено на www.site.ru я решил изменить
host: www.site.ru через неделю после изменения в панели вебмастера сайт изменился на site.ru и в поиске изменился на site.ru.
Написал Платону с просьбой изменить главное зеркало, т.к. ждать зеркальщика очень долго, да и не факт что он правильно определит основное зеркало.
