У вас в любом случае одна из систем будет находится в корне, другая в какой-то папке.
Вот и разбейте .htaccess на 2 файла и разместите их также в корне и папке.
Скорее всего keywords и description у вас генерирует сама тема, а не WP.
<?php csv_tags(); ?> - тут они скорее всего и выводятся. Удалите эту строку и посмотрите останутся ли у вас эти метатэги.
Вживую можно посмотреть тут - http://ru.wordpress.com/
Посмотрите как на демо-сайте сделано или запустите Мастер создания и настройки торгового каталога и все сами увидите.
Вырезается только в визуальном редакторе, пусть перейдет в режим HTML и сохранит в этом режиме статью.
Поиск вам в помощь http://codex.wordpress.org/Templates
Потерто 10 символов
http://codex.wordpress.org/Database_Description вам в помощь.
Аналог можно сделать и без плагина, но с напильником - http://iskariot.ru/development/own-pagenavi/
gtauter, вообще основная масса проблем связана как раз с эти paged, попробуйте еще перед выводом прописать
$paged = get_query_var('paged') ? get_query_var('paged') : 1;
а уже в выводе присвоить paged=$paged
