Поддерживаю предыдущего оратора.
Ну если по другому никак, настройте snmpd в каждой виртуалке и снимайте оттуда статистику.
Есть зависимость между пиками трафика?
Сколько всего VM?
А размеры файлов у Вас какие?
sendfile и tcp_nopush по каким соображениям отключены?
directio,aio?
Что именно пробовали делать? Изменения в любом случае должны быть, нужно их анализировать.
Большинство тут успешно справляются :) Есть даже особо специализирующиеся советчики :)
Из простого, поставьте munin, настройте статистику по каждому диску, по трафику, статусу nginx.
Прогоните smartctl long test по всем дискам, посмотрите результаты.
Кроме nginx на сервере ничего нет больше?
Когда будет статистика хотя бы за сутки соотнесите iowait с нагрузкой на сеть, на кол-во запросов к nginx и т.д.
Какой процессор в сервере?
Что значит "файлопомойка" и как она связана с парсингом URL?
Это CentОS 5?
Проверьте охлаждение.
Servcare, вы серьезно считаете, что этого достаточно, чтобы попытаться решить вашу проблему?
Посмотрите по логам когда перезапустился. Вероятно logrotate его дернул.
Пользователю, от имени которого выполняете скрипт, может не хватать прав на чтение файлов.
Целостность архива не нарушена?
ISP панель не импортирует софт.
Обратитесь за настройкой сервера к вашему хостеру или любому из местных администраторов.
Если это не картинка, ищите в файлах и в базе :)