1) обьясните мне как подругому в JS сделать ссылки?
2) все ссылки в данном шаблоне реализованы в <a href=> вот,
<div id="nav">
<ul>
<li><a href="#">Главная</a></li>
<li><a href="#">Новости</a></li>
<li><a href="#">Поиск</a></li>
<li><a href="#">Контакты</a></li>
<li><a href="#">О Проекте</a></li>
</ul>
</div>
индексация любых ссылок идёт, т.к. код ссылок будет такой <a href=> а значит и ссылки будут индексироваться, проверял.
или вы мне хотите сказать что все сайты у которых меню на JS поисковик не находит?
А зачем поисковикам индексировать меню? Поисковики будут индексировать <title> и контент.