Так о проблемах нужно писать на форум дампера либо мылом. На то и бета-версия выпускается, чтобы быстрее отловить баги. Тем более что некоторые баги зависит от конкретной версии mysql и/или php.
Это означает что SQL запрос будет выполняться начиная с версии 4.1.1, можно просто написать SET NAMES просто в таком виде более универсально получается и не будет выдавать ошибок если поставить на MySQL 4.0 к примеру.
Каталог backup создался? Если нет создать вручную, если да, то проверить chmod должно быть 777, и у файла dumper.cfg.php тоже 777.
Скачай дампер. В файле dumper.php нужно указать нужные кодировки.
define('CHARSET', 'auto');
define('RESTORE_CHARSET', 'forced->cp1251');
После чего заливаешь файл на сайт и запускаешь, вводишь логин/пароль к MySQL.
Выбираешь базу и в фильтре таблиц указываешь e107_*
После чего делаешь бэкап, дампер сделает бэкап (желательно скачать этот файл и убедиться что русские буквы там нормально сохранены).
После чего выбираешь базу и этот файл бэкапа и восстанавливаешь, дампер при этом поправит кодировки с latin1 на cp1251.
Далее нужно во всех php-файлах cms'ки, где вызывается функция mysql_connect, обычно перед вызовом mysql_select_db добавить следующую строку:
mysql_query("/*!40101 SET NAMES 'cp1251' */") or die("Error: " . mysql_error());
Что касается UTF, то можно конечно и в неё конвертнуть, но там еще и ленг файлы конвертить нужно.
