Редирект на главную страницу вполне нормальное решение, также страница 404 с полным набором ссылок (можно с картой сайта) тоже неплохое решение.
Сложилось впечатление, будто злые пауки гугля целыми днями жрут несчастный сайт автора темы опуская его серваки :)
Если нужно чтобы сайт был в Гугле то хай себе кушает страницы, если Гугль не нужен, то напиши ему об этом записку в robots.txt
Занесите сайт в dmoz.org и это будет 100% гарантией что Google до него доберется.
Это можно объяснить странностями алгоритма работы Яндекса и для него это ... нормально, у многих так происходит, так что смирись :)
По моему мнению Яндекс перестал любить большое количество ключевиков, ценит ссылки с тематических ресурсов.
VirFlow, наберитесь терпения и на вашей улице тоже будет праздник :)
