WordPress отличный выбор для не шибко посещаемого сайта. Где-то с 5к хостов в сутки начинаются проблемы с производительностью, и то их можно решить нормальным плагином кэширования. А так - плагины есть на все случаи жизни, настроить можно под любые нужды.
Ну по крайней мере sitemap сделать не помешает и поисковики с ним очень хорошо сверяются.
Опираюсь лишь на свой опыт, имеется несколько сайтов и несколько лет работы с ними.
Сайт свежий? Яндекс он свежие сайты ооочень туго всасывает. Гугл в этом плане гораздо оперативнее. Делайте sitemap.xml и ждите, по крайней мере всё что в sitemap рано или поздно проиндексируется обоими ПС.
Сайт ваш? На каком движке? Если есть доступ к БД, то можно скриптик на PHP набросать, например. А вобще дайте больше информации, получите толковые советы.
По этому домену долбайте платонов, но параллельно делайте что-то еще. С этим доменом у вас история точно затянется на несколько месяцев.
По собственному опыту - вообще поисковики все до одного бэка никогда тебе не отобразят, вечно там хаос и неразбериха. Просто надо вливать деньги в бэки до тех пор, пока не будет необходимый результат.
В любом случае "мигание" ссылок ни к чему хорошему не приведет, даже если будет по 1 ссылке на страницу. Имхо лучше постить ссылки навсегда и перед публикацией на сайте. Хотя если сайт трастовый и старый, то ничего страшного произойти не должно.
Внутренние ссылки, особенно сквозные, закрывать не надо. Поисковики сами разберутся что и куда.
Гляньте тут http://www.alexa.com , там есть статистика по поисковым запросам.