Уверен, для поисковых систем это тоже "внешние ссылки". Ведь цель скрипта - показать ссылки на страницы с точки зрения, как это видит поисковая система. Строго говоря, www.site.ru и site.ru - это разные сайты. Бывают например www1.site.ru, www2.site.ru, когда применяется мирроринг. Это ведь разные сайты (не важно, что контент может быть один и тот же).
Высчитывал "в лоб": взял величину, обратную кол-ву ссылок на странице. Это показатель, скорее умозрительный, чем имеющий какую-то научную основу, сделан исключительно для количественного сравнения двух сайтов "на глазок".
Дельное замечание, спасибо. Сделаю.