Поставьте 304 код ответа на все страницы, через три месяца поменяйте на 200.
А вы уверены, что знаете свою "тематику"?
Никакую не играют.
Уже одного этого достаточно для санкций:
на нем около 600 статей в 500 символов (рерайт)
Зачем усугублять?
А хелп Яндекса для начала не пробовали проанализировать?
Если найдете там хоть что-то из того, что перечислили, я съем свою бейсболку.
site-auditor.ru
А зачем его делать?
Это - не плохо.
усталым тоном: ПРОЧТИТЕ НАКОНЕЦ ХЕЛП ЯНДЕКСА!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Никак.
Все о чем вы написали не играет никакой роли для оптимизации.
Проблема не в том, как искать, проблема в том, как заразили.
Убрать вирус не проблема: восстановться из бэкапа, прогнать айболитом, если вручную не можете. Но на следующий день заразят снова, если дырку не заткнуть.
Ищите информацию на форумах по своему движку.
Если умеете читать логи, ищите подозрительные вызовы POST, их не так много.
Как минимум - быстрая индексация ссылок.