vold57

То есть товаров совсем немного и страниц пагинаций нет?

На сайте всего несколько страниц. Если посмотреть только на тайтлы, то видно что СЯ нет и эти несколько страниц по релевантности перебивают друг друга.

Я не до конца понимаю смысл того, что вы пишите. Вы как-то странновато составляете предложения. 
У вас что, страница одного и того же товара отдается двумя адресами:
site.ru/catalog/категория/товар
site.ru/catalog/товар
?

Или речь о чем-то другом?

Безанкорные ссылки ставьте, когда они обходятся очень дешево. Подороже - анкорные. 

Лучше поставить две анкорные ссылки на разные страницы, а не на одну и ту же. 

Изменение в новой версии форума кармы с глубоких минусов на плюсы некоторые восприняли как признание их seo-уровня и они подумали, что вот наконец теперь к их словам будут прислушиваться.

http://prntscr.com/ub0irz
http://prntscr.com/ub0i2q

Этот вопрос лучше задать тем, кто говорит, что одна лучше, чем две.

Можно делать выбор по странам, городам?

Вторая и последующие ссылки во внутренней перелинковке так же бесполезны? )))