Так это JS? Тогда не работает рендеринг. Либо это такой HTML - на скриншоте не очень понятно.
Так а в исходном коде страницы в итоге вы видите конечный HTML-код или JS?
Старый комп, это потому что у вас старые несуществующие страницы отдают HTTP-ответ 200 ОК.
Напишите в поддержку, приложите скрин из метрики, где этот переход засчитан.
В Метрике есть Вебвизор, в котором можно точно узнать, что люди делают на странице. И если это боты, то поведение у всех будет одинаковое.
По поводу языков:
https://yandex.ru/support/webmaster/yandex-indexing/locale-pages.html
https://support.google.com/webmasters/answer/189077?hl=ru
По поводу точек сбыта - /ru/articles/2013384
В принципе, да. Но желательно, чтобы эти урлы были не отдельно для поисковых систем, а для всех. То есть чтобы при фильтрации человек получал что-то такое shop.com/catalog/second-category-name/color/red
Либо закрыть от индексации результаты фильтрации, а урлы из карты сайта - открыть. Но лучше, чтобы всё-таки был один урл и там, и там.
Вы в курсе, что LI сливает статистику Яндексу? :) Или боитесь за Гугл?
А вы смотрели, что по этим запросам в топе? Например, по запросу "торты с цифрами и буквами" - https://yandex.ru/search/?text=%D1%82%D0%BE%D1%80%D1%82%D1%8B%20%D1%81%20%D1%86%D0%B8%D1%84%D1%80%D0%B0%D0%BC%D0%B8%20%D0%B8%20%D0%B1%D1%83%D0%BA%D0%B2%D0%B0%D0%BC%D0%B8&lr=56
Закрыть через meta noindex - https://support.google.com/webmasters/answer/93710?hl=ru
По запросам "торты на заказ" и "торты на заказ в челябинске" сайт есть в топ-100. С какими запросами проблемы?