Ну если у вас будет страница "Услуги", то первый вариант, а если вы решите её убрать, то второй вариант.
Адреса страниц не имеют значения, имеет значение количество кликов, которые нужно совершить, чтобы попасть на страницу. В вашем случае чтобы попасть на конкретную услугу, нужно сначала зайти в раздел "Услуги" - так что, всё правильно. Но если кроме услуг ваш сайт ничего не предлагает, то целесообразно разместить список услуг на главной странице, а раздел "Услуги" вообще удалить.
Да, стоит.
Возможно, причина в том, что Яндекс считает, что ваши компании больше не работают:
https://yandex.ru/search/?msid=1490346273.04748.20933.6268&text=http%3A%2F%2Fevac-plan.ru%2F&lr=2
https://yandex.ru/search/?msid=1490346234.55258.22885.26802&text=planyevakuacii.ru&lr=2
А еще у вас переспам по слову "эвакуация":
http://pr-cy.ru/zypfa/url/http::slash::slash:planyevakuacii.ru:slash:/noindex/0
http://pr-cy.ru/zypfa/url/evac-plan.ru/noindex/0
Сайт dverivizit.ru до сих пор в индексе Гугла. Ждите, когда исчезнет.
Проблема в том, что у вас с HTTP на HTTPS стоит не 301-й редирект, а 302-й - https://bertal.ru/index.php?a3627476/ukrsemena.com/ogurets-krispina-f1-apg-15-semyan-36532/#h
Из-за этого в выдаче гугла у вас страница не с HTTPS, а с HTTP - https://www.google.ru/search?newwindow=1&q=info%3Ahttp%3A%2F%2Fukrsemena.com%2Fogurets-krispina-f1-apg-15-semyan-36532%2F&oq=info%3Ahttp%3A%2F%2Fukrsemena.com%2Fogurets-krispina-f1-apg-15-semyan-36532%2F&gs_l=serp.3...2390.2390.0.2735.1.1.0.0.0.0.39.39.1.1.0....0...1c.1.64.serp..0.0.0.HpC1sawRCNQ
Если оба сайта просели, то друг другу они не аффилиаты. Проверить можете всякими сервисами типа:
https://tools.pixelplus.ru/tools/affiliation
https://arsenkin.ru/tools/affiliat/
Скорее всего, проблема в чем-то другом.
Если думать про Яндекс, то просто перед публикацией на одном из сайтов текст добавляется в Яндекс.Вебмастере в "Оригинальные тексты".
Для гугла можно прописать канонический мета-тег на одну страницу - https://support.google.com/webmasters/answer/139066?hl=ru#2
Добавьте в Title на всех страницах "в Москве".
Правильная.
Для SEO ничего не дает. Это нужно только если по внешней ссылке может быть вирус.
