На сервере N 1 расположено около 1200 сайтов зараженных около 50, говорить о взломе я думаю всем понятно что бесмысленно. иначе бы было заражено не 4% сайтов а гораздо больше. 80% зараженных сайтов которые мы смотрели содержат бесплатные скрипты типа Мамбы или PhpBB. Капать владельцам зараженных сайтов нужно либо на дыры в скриптах либо на троян у себя на компе
По поводу не доступности сервера 1 вы ошибаетесь, сервер как работал так и работает никаких перерывов не было. если он у вас не доступен то напишите письмо с указанием вашего IP адреса. возможно файрвол вас забанил за что-то.