Все основные фреймворки – Side By Side, т.е. приложение привязывается к конкретному фреймворку. Основные – это 1.0 и 2.0. 1.1 дополняет первый. 3.0 и 3.5 расширяют 2.0.
Поэтому чтобы запустить приложение, работающее с 1.1, удалять 2.0 необязательно. Достаточно написать файл конфигурации (манифест) со следующими строчками, в которых Вы укажете конкретную версию CLR, к которой привязываете Ваше приложение:
<?xml version ="1.0"?>
<configuration>
<startup>
<supportedRuntime version="v1.1.4322" />
</startup>
</configuration>
и назвать его AppName.Exe.Manifest, а затем запустить.