И к обычным страницам тоже нет доступа?
Может быть у вас в .htaccess заблокирован доступ гугла к сайту?
Кстати, какой статус возвращается гуглу, 404?
Как в других поисковиках? Попробуйте Bing Webmaster Tools
А если в GWT запросить роботс через "Fetch as Google"? Он его видит?
Думаю, что ничего не остаётся, как сделать custom report который бы выдавал список всех посещённых страниц. Скачать этот репорт в формате CSV, а затем сравнить в Экселе со списком всех ваших страниц.
Сравнивать списки можно как описано здесь http://support.microsoft.com/kb/213367
Другой способ, это работать через API (требуется знания программирования)
есть ещё http://piwik.org/
вроде похожая тема
/ru/forum/726830
http://www.openwebanalytics.com/
можно сделать так
http://support.microsoft.com/kb/213367
Если я правильно понял задачу, можно сделать репорт как на картинке
[ATTACH]111473[/ATTACH]
потом в экселе сделать мердж с вашим списком.
гуглу надо время чтобы обработать данные для большинства отчётов, да и таких как нас много - у них ресурсы тоже не резиновые :)
Но есть там и данные в реальном режиме времени - http://www.seroundtable.com/google-analytics-realtime-14111.html
пожалуйста :)
