Если прекращение работы сайта на неопределенное время (возможно небольшое) не очень критично попробуйте удалить из базы Я. ссылку на главную страницу сайта без www. Это можно сделать тут http://webmaster.yandex.ru/delurl.xml
А потом добавить уже с www.
Хотя, возможно, удалять прийдется из базы индексов обе страницы
