Для решения данной задачи потребуется кастомизировать импорт, то есть файл "xsl/export/custom/ordersCommerceML.xsl". Общую информацию по катомизации можно найти в документации:
http://wiki.umisoft.ru/Процесс_формирования_заказов_для_1С
В заказе, в определенном поле хранится domain_id, с которого был сделан заказ. В копии шаблона:
<xsl:template match="object" mode="order">
...
<xsl:template>
делать проверку (xsl:if) текущего домена и домена заказа, если все верно, то формируем:
<Документ>
</Документ>
В качестве примера определения текущего домена, можно взять php-метод из следующей статьи:
http://wiki.umisoft.ru/Формирование_YML_файла_для_разных_доменов_в_системе
