Попробуйте на время остановить парсер. Чтоб точно понять он ли виновник.
Попробовать пересоздать таблицу т.е. скопировать её с другим названием и потом переименовать её в актуальную. Актуальную в свою очередь переиновать в какой-нибудь _OLD
Обнови Mariadb до актуальной MariaDB 10.3.31
Запросы в студию, т.к. в этом баге рассказывается про то, что COMMIT сам не закрывается.
Какие запросы идут при этом в mysql, что там делается?
Есть большая вероятность, что временные таблицы создаются для обработки каких-то данных. А это значит надо менять настройки mysql или запросы. Если позволяет память, то вынести создание временных таблиц в память, это обычная практика.
Размер папки МОМЕНТАЛЬНО не изменяется т.к. эта информация кэшируется в системе, чтобы каждый раз её не тыркать.