В том то и дело, что кол-во проиндексированных страниц наоборот растет.
Да, так и есть: "сервер не отвечает" при подстановке любого несуществующего поддомена.
Спасибо вам большое за подсказки и наводки. Будем разбираться дальше. Как решим проблему, подробно опишу ее решение.
Вот такие записи
https://drive.google.com/open?id=0B1W9y_2A0Yfkd29ydmtab05yOFU
https://drive.google.com/open?id=0B1W9y_2A0YfkaHpmYlA1eE5ocjg
В записях NS и А есть запись Name: @. Кроме этого есть записи MX, TXT, CNAME.