У меня аналогичная проблема.
Когда у сайта был один регион были в топ 10. Открыли филиал в другом регионе, прошли платную регистрацию в ЯК, выставили 2-ой регион. Во втором регионе (который в 10-ть раз крупнее родного и соответственно конкуренция больше) мы сразу же вышли в ТОП, зато в родном регионе сразу же выпали из ТОП 100. При этом если делаешь поиск с галочкой искать в "регионе" все нормально мы как и раньше в Топе!
Так же обращались к Платону, ответ такой же. Проблема у Яндекса уже существует эта давно, когда у нас так только случилось летом 2011 г., сразу же нашел ее описание на форуме, но советовали подождать пол года примерно и все придет в норму, в итоге подождали, в норму ни чего так и не пришло :(
Уже думаем а не переходить ли на под домены для разных регионов.
