Можете еще в логах посмотреть, к каким файлам было обращение, и с какими параметрами, если это ГЕТ запрос был. В большинстве случаев сработает.
Так же можно через консоль посмотреть все файлы по дате изменения, но метод не слишком надежный, большинство малвари тачит себя с датой соседних файлов в папке.
Загляните в файлы htaccess (если есть), там часто много интересного прячут.
Ну не обязательно цепляться именно за MVC - это больше к объектно-ориентированному программированию относится, чем к вашему случаю. То есть когда имеется набор классов, которые взаимодействуют между собой как MVC или MVP или еще как-то. У вас же получилась просто архитектура - часть кода на клиенте, часть на сервере, а все вместе это проект. Если разделить клиентский html файл на собственно сам код интерфейса, и отдельный файл с JS кодом, будет ближе к вашей изначальной задумке, но, как уже писали выше, это не будет иметь отношения к паттернам.
