Roxis

phpinfo(INFO_MODULES);

юзаем утилиту du

http://www.telana.com/peruser.php

http://www.ibm.com/developerworks/web/library/wa-lampsec/

или вы устанавливаете php как cgi/fastcgi + suexec

или вы патчите апач, чтобы mod_php работал под юзером

и ещё вариант, ставите дополнительный апач

mod_speling

но он не везде есть

скорей всего это сам апач своих детей убивает

включить лог user-agent, тогда можно будет примерно узнать, что делает запросы

user-agent надо смотреть

а вы имеете отрицательный?

find . -exec chown dex:dex {} \;