для apache 2.x есть модуль mod_cband
после его установки, достаточно будет прописать в контексте <Virtualhost>
#CBandSpeed - ограничение виртаульного хоста #CBandRemoteSpeed - ограничение одного клиента #синтакс: макс. скорость в кб, макс. запросов в секунду, макс. соединений CBandSpeed 10240 100 50 CBandRemoteSpeed 256 10 5
надо глянуть поближе
также предлогаю установку vsftpd - самого быстрого и безопасного FTP сервера
