Пузомерки зависят от внешних ссылок, на которые внутренняя оптимизация не влияет. ТИЦ, PR и внутренняя оптимизация - понятия из разных плоскостей, а вы их смешиваете.
В идеальном случае каждый товар должен иметь свой отдельный URL, который и должен быть в выдаче ПС, а не страницы сортировки или пагинации (их обычно закрывают от индексации, чтобы не засоряли индекс)
Как Вы это определяете, если не секрет?
Не могу найти пруф, на каком-то мероприятии, посвященном ответам Яндекса интересующимся, со стороны Яндекса было сообщено, что все обращения разумеется рассматриваются живыми людьми, но подробный и индивидуальный ответ дают как правило сайтам, в которых Яндекс видит потенциал и считает, что обратившийся действительно хочет улучшить свой сайт.
Поэтому шаблоны, думаю, летят тем, кого сотрудники Яндекса оценили как "опять унылый гс"
Влиять будет - дубли не есть хорошо.
Скорее всего где-то неправильно прописаны относительные пути для ссылок.
А как вы поставите 301 редирект с www.domain.com на www.domain.com/ru ? Вернее физически его поставить можно, но Яндекс все равно упорно будет держать мордой именно www.domain.com даже если с него давно стоит 301 редирект. Поэтому лучше сохраните русскоязычные страницы как есть, а для других языков создавайте новые разделы /en/, /de/ и т.п.
Можно сделать так:
site.ru/games/mario
site.ru/phones/nokia
и со вторых страниц просто ставить ссылки на первые типа "Игры для Нокиа: Марио". И ещё с первых на вторые "Игра Марио для Нокиа"
На первых страницах описывать игру Марио, на вторых - особенности игры Марио для каждой модели Нокиа.
Ссылка с анкором в виде <img/> не дает НПС, если прописан title (ни у <a/>, ни у <img/>), а если alt - даёт. Ну, по крайней мере, это было полгода-год назад.
Есть отличное средство проверки: http://webmaster.yandex.ru/robots.xml
Пишете содержимое robots.txt, пишете проверяемые урлы, отображается разрешены или запрещены они к индексации и каким правилом.
У многих сайтов вообще исчезли организации, написал срочно Платонам, пока ответа нет. Приколы вообще жесть, вся геопривязка отваливается. И это они ещё пока проанализируют, пока восстановят, пока это все отразится на выдаче... В общем, на месяц минимум наказан