Vladimir SEO

Описали, да. И там второй ридирект сайт.ком -- сайт.ком/юа/, который якобы делали дождавшись переиндекса  сайт.ком -- сайт.ком/ру/
Для чего?)))

Просто перечитайте, что вы написали.
Т.е. сначала вы (якобы) переносили языковую локацию из папки на верх. А после переиндексации, что и простите, куда... с верха обратно в папку? Или наоборот, один хрен)))
И полный переезд нужен не для изысков, а что бы языковые версии работали на трафик. Я уже не говорю о том, что мультияз, это плагины. Не 1, не 3, а иногда и не 10... Взаимно связанные.

Никаких проблем вообще, ага)))

Это не просто переезд с корня в папку. Это взаимный переезд, одновременно и из папки в корень. Что бы поставить уа на верх, а ру в папку.
Т.е. взаимный постраничный редирект. Я так не пробовал, что получится не знаю. Но судя по всему - ничего. Потому что взаимно цикличный... А человек говорит, никакой проблемы. И что уже так делал)))

Так то да, но клиент скупой пошел в последнее время. Давайте подольём ссылочного на баксов 500-800, да ОК, вот вам 200, больше нэма. Поэтому то, что позиции таки сейчас чуть ниже, чем были, и поделом. Я вот прям даже рад, что они не вернулись до такого же уровня.

Вместо, уже стоящего там  сайт.ком/уа/, или наоборот. И при этом не убить один из них.
Нет, не было. И у вас, очевидно по ответам, тоже.

да вопрос то не в этом был а что прописать в файле

После вашего 301 с ру на уа никакая не проблема, что вы ответите по этому поводу, и не сомневался)))