1) Насколько опасен редирект 301 именно при смене внутренних адресов страниц? Какие последствия могут быть для seo? - ни на сколько, вес передастся на страницы с новым URL, для SEO - кратковременное падение позиций.
2) Насколько опасны страницы с «нелогичным адресом»? Например, если у меня есть раздел site.com.ua/division1, в разделе система создает, например, новую страницу как site.com.ua/division1/newpage, а в этом же разделе параллельно висят страницы site.com.ua/pages/oldpage - вопрос нефига не понял.
Дайте адрес, возраст домена. Посмотрим.