У Яндекса с новорегами часто такая история — может долго держать «в очереди», даже если в гугле уже всё залетело. У меня пару раз так было, помогало просто добавить несколько страниц и чуть ссылок накинуть (без фанатизма), тогда быстрее начинал обходить.
Если прям нужно ускорить, можно попробовать через сервисы или отдать на продвижение — мы в своё время сами мучались, потом в Экзитерра отдали сайт, там уже нормально занялись индексацией и продвижением, стало быстрее всё заходить.
