Заказывайте сервер на fastvps, получаете хостинг на Hetzner и русскоязычный суппорт! :)
Поставте rkhunter, обновите его и проверьте на наличие закладок
Связка nginx + apache. Можно попробовать увеличить таймауты в nginx.
Реальных причин может быть множество. Слишком тормозящий vds. Движок сайта. Не всключено кеширование статики в nginx. Неоптимальные параметры настройки mysql сервера.
Лечить сервер по фотографии весьма тяжело.
Сообщите хоть какие-то подробности. Дистрибутив, хостинговая панель?
Выдача с top
Посмотрите что стартует в это время в Cron.
Мой icq 40113481 или skype adminstation
Упало ядро при работе apache. Сбой диска. Аппаратный.
Пусть датацентр разбирается с железом.
apt-get update
apt-get upgrade
apt-get install ffmpeg
