Для тех, кто пишет, "вопрос решился" и не пишут, как именно, уготовлен отдельный котел в аду.
Параметры метрики в интерфейсе, могут отличаться от того, что вы используете в апи, например, если вы делаете группировку (dimensions) по UTM метке, например UTMSource, то в апи прописываете ym:s:UTMSource и данные начинают расходиться, потому что, на самом деле, в интерфейсе эта группировка прописывается как ym:s:<attribution>UTMSource поэтому перепроверяйте все данные, что вы сравниваете.
Также это касается метрик, например не просто ym:s:goal<goal_id>visits а ym:s:goal<goal_id>reaches совсем разные метрики, и отвечают за разное, но на первый взгляд, кажется, что одно и тоже.
Откройте инспектор кода на странице с метрикой, и перепроверьте, какие там вам отображаются метрики и группировки, и проставьте их в API, не пытайтесь угадать
