Решили вопрос с разделением?
Оставьте сайт для гугла как есть (гугл важнее), только заблокируйте его для яндекса в роботс. Создайте копию сайта под яндекс на новом домене и там заблокируете его для гугла. Вот и все. Оптимальный вариант, если вам не подходит просто оставить сайт как есть.
Директива Disallow может быть проигнорирована в одной из поисковых сетей. В Гугл точно.
