Существует поверие, что раз Яндекс подставляет сниппет из Яндекс.Каталога, значит он считает его более релевантным, чем сниппет, который формируется автоматически из тайтла, мета-дескрипш и текста на странице. Поэтому проблемы скорее всего именно на главной странице.
Рекомендую проверить (в порядке значимости по личной шкале):
1) нет ли переспама в тайтле? Если есть - убрать переспам.
2) текст на главной уникален? Если нет - переписать.
3) нет ли переспама в тексте? Если есть убрать.
Уже обсуждали - /ru/forum/814190
Так тогда у вас будут дубли контента в индексе, как у ТСа ))
Мне кажется порядок другой:
1) Сначала пишутся статьи под запросы, которых пока нет в подсказках
2) Накручиваются сами запросы, чтобы попасть в подсказки
Таким образом, когда подсказка появится - статья уже будет на 1-ом месте по этому запросу ))) ПРОФИТ
Это и удобнее делать в больших масштабах, чтобы исключить погрешности (на случай, если подсказка не вылезет по какому-то запросу).
http://blog.promosite.ru/comments.php?1398
