Яндекс вам дурь конкретную предложил, в результате которой из индекса вылетят все страницы с get параметрами из-за запрета в robots.txt.
А новые, из-за canonical , не зайдут в индекс или зайдут далеко не все.
В итоге, вы все позиции потеряете, да еще и из индекса вылетите.
Нужно разбираться с плагином, который подобную ерунду натворил и приводить canonical к человеческому виду.
А потом уже редиректить и ждать постепенной переиндексации.
А какие могут быть последствия, если не убирать этот параметр "ver=2"? По сути дублей он не создаёт... Либо могут быть в будущем из-за этого проблемы?