Гуглить умеем - просто вы так категорично написали - "у вас должен быть сайт со страницами 200, все остальное 404 "

Редирект под запретом?!

У сайта структура - рубрики, страницы и теги. Причем это базовая структура многих сайтов и до недавнего времени это все было абсолютно нормально.

Теперь вдруг по мнению яндекса это все стало плохо плохо и жуткими дублями.

Пришлось позакрывать через роботс,  каноникал и метатеги большую часть структуры сайта (а то же облако тегов было накоплено за несколько лет очень большим и многие посетители этим пользовались). 

"это рекомендации, а не правило." - для яндекса это рекомендации? Ну если и это всего лишь рекомендации - то это означает - что вообще никакой сайт нельзя сделать правильным (по мнению яндекса),  ну разве что кроме примитивного лендинга.

Сделал как в указанной выше статье - поставил в счетчике настройку, чтобы принимать только с одного адреса.

Запросы не прекратились. Сегодня с полуночи уже 258 таких запросов.

Это из парсера лога строка, размер ответа.

Почитал. Таак. А не может это быть от того, что кто-то упер сайт с счетчиком на другой домен? И этот счетчик теперь под другим доменом, но с моего ip что-то пытается получить?

Почему так думаю, недавно делал анализ на совпадение текстов и нашел какой-то левый сайт на домене Zealy.fi который как-то хитро через переадресацию и подстановку отображает мой сайт частично измененный. Причем там много прямых ссылок на картинки остались, но кое чего изменено - счетчики там тоже мои походу стоят.

Для яндекса файл подтверждения выглядит иначе.  Если это кто-то из вебадминки пытается подобрать - то явно были бы другие имена файлов.

Ну тут как раз ничего странного. Тема оформления сайта отдает красивую 404 страницу типа

К сожалению, запрашиваемая страница не существует.  Вам также может понравиться и немного ссылок на статьи.