Зачем для таких целей использовать плагины, если в вордпресс уже есть для этого решение?
Через вкладку "Внешний вид" - "Меню" упорядочите как нужно вашу навигацию и сохраните, возможно не будет таких ошибок.
Другое дело если ваша тема на вп не поддерживает вп меню 3.0
Ставьте simpla очень хороший и удобный шоп.
Все ваши выше перечисленные запросы удовлетворяет эта CMS.
К тому же легко верстаются под него дизайны, если нуль нужен могу поделиться.
На глаз врядли узнаешь что не так, нужно код смотреть.
