Разные. Но служат для одного - исключение дублей. canonical более нативный с т.з. HTML и более универсальный инструмент. Пример: с помощью canonical можно исключить дубли товара в разных разделах сайта, а с помощью cleanparam можно только текущий URL "сократить" отбросив незначимые параметры.
Кроме того, сегодня CleanParam работает, а завтра - не работает, это как решит яндекс. У гугла мне помнится вообще нет этого инструмента.
Так что использовать оба, но ставку делать на rel
спасибо!
