Треду 3 года почти, за это время много чего поменялось и добавилось.По факту из-за удаления мусорных страниц съехать можно только в том случае, если удаление мусора сказалось на семантике оставшихся страниц - то есть были выкинуты какие-то ключи с посадок (теги, карточки товаров, подкатегории - то есть ссылки на удаленные страницы). Ну, либо процесс обрезки был проведен немного неправильно с технической точки зрения, и это негативно отразилось на сканировании сайта.
Очень полезное замечание, но мне бы хотелось услышать мнение автора (ответ на вопрос).