Иногда пользуюсь вот этим сервисом. Не требует регистрации и выводит позции по Яндексу Гуглу Рамблеру и др.
Правда выводит за один раз позиции только трёх ключевиков.
Но никто не мешает вам сделать несколько таких наборов :)
По первому пункту, всё совсем на оборот. Ссылка с морды лучше влияет на ВИЦ, а вот для прокачки ТИЦа нужно как можно больше ссылок, соотвественно для ТИЦа нужны сквозные ссылки (желательно с тематических рессурсов).
А по второму вопросу. В вашем примере-то врятли наложаться какие-либо санкции, если стоит одна сквозная ссылка на сайт Б. Но если на сайте А будет линкопомойка, то сайт А яндекс и забанит, а с сайтом Б по идее ничего не должно случиться, если конечно же он сам не нарушает никаких правил :)
