На многих сайтах страницы фильтров существуют в двух вариантах URL. То есть при переходе с главной страницы они открываются с помощью js (так с главной страницы не раздается вес, если верить, что поисковые системы еще не идеально понимают то, что с js загружается). Но эти же страницы существуют и продвигаются без # в URL.
С таким подходом поисковый бот поймет все, что ему нужно.