Как поиск понимает что на сайте есть фильтры товаров и всякие функции?

Поисковому роботу не надо понимать, у него вообще другая функция - он ходит по ссылкам и скачивает документы, определяя ответ сервера и доступность web документов. Дальше в работу вступают поисковые анализаторы, которые отделяют структуру от содержания, анализируют и то, и другое (это если упрощенно).

Поисковому анализатору вообще всё равно какие у вас там фильтры и есть ли они, он структурируeт данные в своём поисковом индексе и далее определяются поисковые метрики по вашему сайту. Если эти поисковые метрики укладывают в позитивную модель (использование форм, достижение рабочих целей, выборки, передача информации), значит поведенческий фактор выше и сайт получает преимущества перед теми, где этого нет (допустим просто статичная информация, где пользователи просто прокручивают информацию и уходят). Я описал упрощенно, без оценки статических факторов и прочих моментов, но в целом так.

А вот уже насколько адекватно та или иная страница решает пользовательскую задачу в контексте конкретного сайта (и что немаловажно бизнеса), здесь уже определяют ассесоры. Инструкцию для ассессоров, которая свободно гуляет в сети, полезно прочитать каждому seo специалисту, да и вообще любому, кто интересуется поисковым продвижением, чтобы понимать как формулируются задачи, основываясь на каких критериях принимается решение, в каких рамках это решение действует.

Поэтому возвращаешь к поставленному вами вопросу - поисковый робот никак не понимает, ему это и не нужно. 

На многих сайтах страницы фильтров существуют в двух вариантах URL. То есть при переходе с главной страницы они открываются с помощью js (так с главной страницы не раздается вес, если верить, что поисковые системы еще не идеально понимают то, что с js загружается). Но эти же страницы существуют и продвигаются без # в URL. 

С таким подходом поисковый бот поймет все, что ему нужно. 

Это аналог толоки?