1) Не менять регион ни в коем разе. Можно поменять только на "Москва и область". Иначе запросы слетят.
2) по регионам двигают поддоменами. Типа krasnodar.sire.ru
http://wordstat.yandex.ru/#!/?regions=10174&words=%22%D1%80%D0%B0%D0%B7%D0%B2%D0%BE%D0%B4%D0%BA%D0%B0%20%D1%82%D1%80%D1%83%D0%B1%22
