это скорее всего, он пока еще не обращался к тем страницам.
у вас структура сайта типичная для обычного сателлита, после того как закроете дубликаты, усложните саму структуру. Откройте любой СДЛ, схожей вашей тематике и попробуйте добавить функционал и дополнительный блоки-сделав по виду более похожий на серьезный проект.
в данном случае не важно, для яндекса одинаково будет.
ждать не стоит, надо смотреть не на количество, а на источники ссылок.