Может быть все дело в том, что когда были 5-6 позиции, внутренняя перелинковка работала хорошо, но потом из-за превышения какого-то порогового значения количества внутреннее ссылочное перестало работать (читай - зафильтровали).
Я бы посоветовал проверить работоспособность внутренних ссылок. Сделать это можно, поискав в Яндексе в кавычках целевую страницу по уникальному анкору, если целевая страница находится с пометкой "найден по ссылке", то с внутренним ссылочным все в порядке и переживать не стоит, а если же находится только страница, на которой собственно и размещена сама ссылка, то велика вероятность фильтра.
Хотя для полноценного анализа такого падения слишком мало данных. Вариантов может быть масса.
Возвращаясь к Вашему вопросу в названии темы "Актуальность внутренней перелинковки при продвижении ВЧ в Матрикснэт"
Внутренняя перелинковка актуальна и с ее помощью можно "творить чудеса", особенно, если сайт многостраничный. Главное не переусердствовать с точными вхождениями (скорее всего, именно за это накладывается фильтр)