Попробуйте SobiPro, MosetsTree. SobiPro прекрасно справится. Если (упаси бог) джумла версии 1.5 то Sobi2. Могу проконсультировать бесплатно, пишите в личку.
Вполне возможно вам крутят ПФ. Например такой программой как livesurf. Мне один дружок так крутил, но безрезультатно...
И что интересно заходы с яги по ключнвикам и причем вкусным. Программа ро сути браузер где клиенты посещают автоматом сайты других участников, получают баллы и тратят на посещения своего сайта по заданным запросам...
На хосте загляните в webstat.
Задайте поиск в яндексе и затем скопируйте ссылку сверху в браузере. Делов то...
Вполне вероятно что у вас нуленые модули и компоненты джумлы (скачанные с неофициального источника). Там может быть генератор ссылок и периодически сгенерированная ссылка ведет на сайт с вирусом. Просканьте код на левые ссылки, варезные компоненты этим грешат.
Все в Joomla решаемо с дублями, правильно человек сказал:
Нужны а) Прямые руки б) Компонент SH404Sef в) Чистый разум.
На сайте около 165.000 (растет) страниц предприятий, ни одного дубля. Ссылку я приводить не буду, просто погуглите какой каталог предприятий, посмотрите систему и поймете, что все ок работает.
С уважением.